蔬菜专用有机肥发酵过程中涉及的安全风险主要来自于设备方面。如使用粉碎机、铲车以及其他机械时，需要对眼睛和耳朵进行保护和安全预防。当使用专门的条垛翻堆设备时，需要遵守相关的规定。一些翻堆机包含可高速旋转的甩刀，与此接触的人和动物应有很好的保护。当混合甩刀旋转通过条垛时，会甩出条垛内的物质成为危险因素，在场的设备操作人员必须了解和具备防护措施。蔬菜专用有机肥露天发酵一般不会有火灾风险，因为水分合适的发酵原料不会轻易地燃烧。尽管如此，如果原料很干以及条垛堆体过大，就可能发生有少这多发生在水分含量在25％～45％之间的时候。堆体过3m高时。蔬菜专用有机肥堆体内部产生的热量会发生一些化学反应，然后会导致自燃。为防止这些问题，应对含水率、温度以及堆体大小给予充分关注，包括配备一些供水和灭火装置，应对生产控制室、发酵设施、地下建筑物内及地下管线等沼气聚集的场所进行定期监测，并做好记录空气中沼气浓度大于1．25％时应进行强制逆人有机肥发酵过程中涉及另外一类安全问题是健康问题。动物便、城市污泥等废弃物原料均含有一些病原菌，还有一些对人类有致敏性。蔬菜专用有机肥常规的简单防治方法是让工人在操作时佩戴防尘面具，接触到原料要洗手。具有粉尘、异味及有害、有毒气体的场所，应采取通风措施，并保证通风设施完好。个别有感染或过敏反应的，就不宜从事本工作。